Arbeidspakker

Omikk og biomarkører

Ettersom endret proteinuttrykk er nærmere knyttet til funksjonelle endringer i kreftceller sammenliknet med andre molekylære nivåer, ser vi for oss at robuste mål for pasientstratifisering kan identifiseres basert på endringer i cellens proteinuttrykk.

Vår hypotese er at ved å kombinere transkriptomikk- og proteomikkanalyser vil vi kunne avdekke regulatoriske mekanismer for cellulære funksjoner og signalveier som er viktig for sykdomsutvikling – mekanismer som potensielt ikke oppdages ved analyse av kun ett molekylært nivå. Vi benytter eksperimentelle metoder og beregningsbaserte analyser av molekylære data fra tumorbiopsier, PDX-avledede cellelinjer og flytende biopsier. Dataene vil bli brukt ved testing av kreftcellers legemiddelfølsomhet for å utforske hvordan behandlingsrespons knyttes til subtyper.

En annen målsetning er å avdekke sammenhengen mellom biologiske signalveier av klinisk betydning, inkludert metabolske endringer i tumor og sirkulerende metabolitt-profiler.

Vi vil utforske den kliniske betydningen av sirkulerende cellefritt DNA i plasma hos pasienter med primær operabel, borderline, lokalavansert (dvs. NorPACT-2 og NorPACT-3 kliniske studier) og metastatisk bukspyttkjertelkreft (i samarbeid med arbeidspakker 'Kirurgi' og 'Sirkulerende tumor-DNA').

(Molekylære data korreleres også til svulstenes morfologiske heterogenitet (i samarbeid med arbeidspakke 'Patologi').)

Samarbeidspartnere

  • Knut Jørgen Labori (arbeidspakke “Kirurgi”), Oslo universitetssykehus/Universitetet i Oslo

  • Caroline Verbeke (arbeidspakke “Patologi”), Universitetet i Oslo/Oslo universitetssykehus

  • Kjetil Tasken (arbeidspakke “Legemiddelscreening”), Oslo universitetssykehus/Universitetet i Oslo

  • Oddmund Nordgård (arbeidspakke “Sirkulerende tumor-DNA”), SUH

  • Janne Lethio (Proteomikk), Karolinska Institutet

  • Bjørn Skålhegg (Metabolisme, aminosyreprofiler), Universitetet i Oslo

  • Gry Aarum Geitvik (Flytende biopsier), Oslo universitetssykehus

  • Ole Christian Lingjærde (Statistikk), Universitetet i Oslo

  • Tine Normann Alver (arbeidspakke “Omics og biomarkører”), Oslo universitetssykehus